r - resolve metaMDS error : "veg_distance" not available for .C() for package "vegan"

Question

I keep getting the following error when trying to run metaMDS() from the vegan package:

my_mds <- vegan::metaMDS(df_species, distance="bray", k=2, trymax=1000, autotransform=TRUE)


Error in .C("veg_distance", x = as.double(x), nr = N, nc = ncol(x), d = double(N *  :  
"veg_distance" not available for .C() for package "vegan"

I have tried:
1. searching online for this error - which yields zero results
2. reducing the size of my data frame to 17 rows and 12 columns
3. clearing all packages from Global Environment to eliminate potential package conflicts
4. specifying vegan::metaMDS

Nothing has worked. Can you help provide a solution to this error?

Example data is here:

structure(list(Species_1 = c(68.75, 51.4583333333333, 67.1666666666667, 
36.3333333333333, 37.1666666666667, 45, 34.25, 20.9583333333333, 
41.75, 85.7272727272727, 63.5, 27.1666666666667, 59.5, 76.75, 
50.1666666666667, 35.25, 42), Species_2 = c(21.3333333333333, 
26.2916666666667, 32.7083333333333, 36.6666666666667, 26.25, 
24.75, 27.0833333333333, 27.5, 39.3333333333333, 35, 24.0833333333333, 
18.0833333333333, 16.3333333333333, 31.75, 23.3333333333333, 
21.5, 22.8333333333333), Species_3 = c(11.6666666666667,     7.66666666666667, 
18.0416666666667, 36.85, 50.6666666666667, 45.9166666666667, 
48.5833333333333, 16.0833333333333, 15.9166666666667, 17.2727272727273, 
11.8333333333333, 3.83333333333333, 1.95833333333333, 1.04166666666667, 
6.45833333333333, 7.70833333333333, 9.41666666666667), Species_4 = c(2.5, 
3.25, 2.25, 3.375, 6.70833333333333, 11.3333333333333, 7.70833333333333, 
4.04166666666667, 8.58333333333333, 4.72727272727273, 0.916666666666667, 
1.45833333333333, 1.375, 2.54166666666667, 1.75, 4.79166666666667, 
3.58333333333333), Species_5 = c(2.5, 7.41666666666667, 14.25, 
4.45833333333333, 5.66666666666667, 9.04166666666667, 5.54166666666667, 
5, 6.41666666666667, 3.59090909090909, 2.54166666666667,     2.66666666666667, 
2.25, 2.25, 1.75, 2.83333333333333, 4.16666666666667), Species_6 =     c(0.0833333333333333, 
0.458333333333333, 0.0416666666666667, 0.5, 0.458333333333333, 
0.416666666666667, 0.541666666666667, 11.9583333333333,     0.208333333333333, 
0, 0.125, 2.29166666666667, 24.7916666666667, 0.5, 0.416666666666667, 
0.708333333333333, 0.166666666666667), Species_7 = c(1.5,     2.45833333333333, 
2.41666666666667, 2.125, 3.33333333333333, 2.45833333333333, 
2.95833333333333, 4.16666666666667, 1.5, 1.63636363636364, 1.375, 
2.04166666666667, 1, 1.04166666666667, 2.16666666666667, 2, 2
), Species_8 = c(1.20833333333333, 3.45833333333333, 1.75,     1.20833333333333, 
0.958333333333333, 0.791666666666667, 0.5, 0.666666666666667, 
1.83333333333333, 0.909090909090909, 0.583333333333333, 1.91666666666667, 
0.75, 1.20833333333333, 0.791666666666667, 2.08333333333333, 
0.583333333333333), Species_9 = c(0.125, 0.208333333333333, 1.58333333333333, 
0.375, 0.0416666666666667, 0.916666666666667, 0.166666666666667, 
0.166666666666667, 1.25, 0.363636363636364, 0.625, 0.25,  0.291666666666667, 
0.375, 0.291666666666667, 0.25, 0.208333333333333), Species_10 =   c(0.166666666666667, 
0, 0.166666666666667, 0.0833333333333333, 0.25, 0.208333333333333, 
0.0416666666666667, 0.625, 0.166666666666667, 0.0909090909090909, 
0.166666666666667, 0.25, 0.166666666666667, 0.208333333333333, 
0.125, 0.583333333333333, 0.0833333333333333), Species_11 = c(0.125, 
0.0416666666666667, 0.0833333333333333, 0.458333333333333, 0.166666666666667, 
0.0416666666666667, 0, 0.0416666666666667, 0.166666666666667, 
0.0454545454545455, 0.0833333333333333, 0.0833333333333333, 0.166666666666667, 
0.291666666666667, 0, 0.291666666666667, 0.333333333333333), Species_12 = c(0, 0, 0.416666666666667, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0.166666666666667, 0, 0, 0)), class = c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -17L), .Names = c("Species_1", 
"Species_2", "Species_3", "Species_4", "Species_5", "Species_6", 
"Species_7", "Species_8", "Species_9", "Species_10", "Species_11", 
"Species_12"))

Session info:

R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] dplyr_0.5.0     MASS_7.3-47     vegan_2.4-3     lattice_0.20-35     permute_0.9-4  

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.10     assertthat_0.2.0 grid_3.4.0       R6_2.2.0             nlme_3.1-131     DBI_0.6-1       
 [7] magrittr_1.5     lazyeval_0.2.0   Matrix_1.2-10    tools_3.4.0         parallel_3.4.0   compiler_3.4.0  
[13] cluster_2.0.6    mgcv_1.8-17      tibble_1.3.0    

Answer 1

Re-install vegan. R version 3.4.0 is binary-incompatible with R 3.3.x and all packages with compiled code must be re-installed in R 3.4.0.