You can specify b[1:4, 1:4]
to denote the part:
>>> import numpy as np
>>> a = np.arange(9)
>>> a = a.reshape((3, 3))
>>> b = np.zeros((5, 5))
>>> b[1:4, 1:4] = a
>>> b
array([[ 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 0., 0., 1., 2., 0.],
[ 0., 3., 4., 5., 0.],
[ 0., 6., 7., 8., 0.],
[ 0., 0., 0., 0., 0.]])
>>> b[1:4,1:4] = a + 1 # If you really meant `[1, 2, ..., 9]`
>>> b
array([[ 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 0., 1., 2., 3., 0.],
[ 0., 4., 5., 6., 0.],
[ 0., 7., 8., 9., 0.],
[ 0., 0., 0., 0., 0.]])